万历四十四年（公元1616），沈在署南京礼部尚书任内，得到方从哲的支持，尽逐天主教士，天主教视作“教难”。沈与方从哲都是湖州人，一隶德清，一隶乌程，自少交好，所以在万历末年会推辅臣时，孔老夫子岳家的后裔当时召谏齐、楚、浙三党中齐党的首脑亓诗教，希附他老师方从哲的旨意，提名沈，神宗已内定召用，朝旨未发而崩。光宗即位，大量补用辅臣，沈为其中之一，于天启元年夏天入京。

　　沈与当时的大珰有师生的关系——明朝宫内设“内书堂”教太监读书，史玄《旧京遗事》记：

　　内书堂，宣德中创建，以教内臣读书，选年十岁上下者充补。始自大学士陈山为之师，今以翰林词臣教习……每学生一名，各具白蜡、手帕、龙挂香以为束之敬。所读之书，故事给《百家姓》《千字文》及《孝经》《大学》《中庸》《论语》《孟子》；写字给刷印《千家诗》《神童诗》影本。盖略取识字，不甚于悖高皇之制，垂世守焉。

　　又《明史·沈传》：

　　故事，词臣教习内书堂，所教内竖执弟子礼。李进忠、刘朝皆弟子。李进忠者，魏忠贤始名也。

　　按：魏忠贤为沈弟子之说，似乎不实，因为魏忠贤不识字，且内书堂选十岁左右的小太监入学，而魏忠贤进宫是在成年以后。不过沈既在内书堂教过书，则与太监有特殊渊源，转相牵引，固不必一定要教过魏忠贤的书亦可与魏接纳。

　　其时清太祖努尔哈赤已收服扈伦四部，取沈阳、辽阳，攻西平堡，广宁巡抚王化贞大败而逃，经略熊廷弼退入关内，京师戒严。魏忠贤借此为名，仿照武宗异想天开的“内教场”的办法，请熹宗在大内“选武阉、练火器”，开“内操”，沈从中附和，以为结纳。

　　明武宗即民间所称的“正德皇帝”，他有四分之一的瑶人血统，生性好武，是个有名的顽童，所以虽设“内教场”，自己还能统驭。熹宗则不懂兵事，魏忠贤、刘朝等人“开内操”，加以锦衣卫及东厂也控制在他们手里，如是一旦要造起反来，扑灭相当麻烦，因而正人君子斥附和其事的沈为“肘腋之贼”，群起而攻。